聖曼陀羅的應用層面非常的多，以下舉一些例子供大家參考。
淨化水晶：
將水晶擺放在聖曼陀羅上面或前面，或將聖曼陀羅放置在大型水晶或晶洞裡面。誠心祈求水晶淨化，並想像聖曼陀羅放光加持水晶。只要幾秒鐘，附著在水晶上面的負面訊息場，就會被轉化乾淨。不僅回復如初，還多加了強大的神聖力量在水晶上，使水晶的效果更加的持久。
室內風水轉化：
由於聖曼陀羅內有【一切如來心祕密全身舍利寶篋印陀羅尼】以及九宮八卦，所以只要住宅或辦公室裡的「任何地點」放置了聖曼陀羅。整間屋子裡面的各種不良隔間、樑柱格局，通通都會轉化為吉祥。並不需要像坊間「一般的」風水防護道具那樣，煞哪裡擺哪裡。
完全不必！
只要一座聖曼陀羅擺放在屋內，就能擺脫對門沖煞、樑柱壓煞...各種不良風水；再也不必這邊一面鏡、那頭一張符的到處擺放各式風水道具。
就只要一座聖曼陀羅就夠了！
室外風水轉化：
其實還是一樣，只要屋內任何的地方擺放了聖曼陀羅，不論屋內屋外一切煞氣都能化為吉祥。不管屋外有任何的對角煞、弓煞、路沖...，從此都不必再擔心了！整間屋子廿四小時都有佛菩薩不停的放光加持，以及天龍八部輪流護持。任何牛鬼蛇神都無法靠近。
怨魂跟隨、附身、沾到不好的無形氣息、沖煞到...。只要此人進到放置有聖曼陀羅的屋子，或是配掛聖曼陀羅在身上，誠心祈求並觀想自己受到大團的光明包圍住全身。
若當事人無法觀想（例如已經昏迷或意識模糊），則可由身邊的人協助觀想祈求。幾秒鐘後，一切不好的能量就會被淨化完畢。怨魂也會受到聖曼陀羅的加持，而被超渡到西方極樂世界。不會傷到或得罪怨魂，也不會有任何的副作用。
受到影響的當事人，則會在休息一陣子後逐漸好轉，恢復如初。這包括被冤親債主討報的人在內，都可以一體適用。
靈擾討報、詛咒沖煞：
對於被債主討報的當事人，或是受到無形靈魂的干擾、因為體質關係出門容易被煞到、或是遭他人詛咒下蠱...等。
如果相信自己遇到了這些問題，相信也能認同轉世輪迴、前世因果的說法。只要誠心拿著聖曼陀羅，真心的懺悔自己過去世所犯下的過錯，祈求來討報的靈魂都能蒙佛菩薩慈悲接引，觀想自己與這些靈魂都被很亮的光包圍，只須幾分鐘便能化解問題。
詛咒的情況也一樣，只要誠心的祈求與想像自己被光包圍，就能脫離詛咒，放心快樂健康的繼續生活。
祖先干擾：
雖然這是在台灣很普遍的情況，但事實上國外也有一樣的現象，祖先的問題來干擾後世的情況，不分國內外。
追根究底就是祖先的靈魂不安定，感受到極大的痛苦，才會干擾到後世子孫的生活及運勢。
不問任何原因，也不必找靈媒探查詢問亡靈，只要誠心拿著聖曼陀羅祈求祖先的靈魂可以獲得佛菩薩的慈悲接引，前往天堂極樂世界。觀想無數的祖先都被光包圍著，只要幾分鐘就能消除自己受到祖先靈干擾的問題，也能嘉惠到自己的兄弟姊妹、叔伯親屬。
補充能量、改善運勢：
最快速有效的方法，就是讓鏡面式的聖曼陀羅將光線（燈光或陽光等各種光皆可）反射到自己的臉跟心口。同時使用兩面鏡式聖曼陀羅，或只使用一面分兩次反射光線都可以，只是時間長短的差別而已，並不影響效果。
靜心調整呼吸，使呼吸放慢放長，想像大量的光進到自己的身體裡，將一切不好的、令人疲倦的穢氣吐出去，想像自己全身充滿能量。每天做就能改善自己的運勢，睡前做一次也有助於早上醒來後的精神活力。
護身：
只要戴著就好了，放在口袋或包包裡都可以。完全不必忌晦出入的場所是否乾淨，世界上任何的護身符或佛像，都不必忌晦出入場所
如果會因為女人經血或廁所穢氣而失效的東西，那是不值得信賴的。
佛菩薩救苦救難、庇祐眾生，絕對不會每個月因為女人的月事而跟著放假幾天，也不會因為洗澡上廁所就不保祐。只要自己保持誠心、善心及信心，即使夫妻情侶恩愛也不必忌晦。
神像開光：
只要在神像底座安置聖曼陀羅，將神像放在聖曼陀羅之上，立即便完成了神像開光的儀式。原因在於寶篋印陀羅尼的神奇功效，請讀者回頭翻閱前面介紹寶篋印陀羅尼的功德效驗記載，其中一段：『若佛像中，窣都婆中，安置此經，其像即為七寶所成，靈驗應心，無願不滿。』。
即使原神像被不好的靈佔用，該靈也會因為聖曼陀羅的效力，立刻被感化超渡，讓真正的聖靈降到神像上，保佑供奉的人。
大悲水或超能量水：
視情況將裝水的器具放在聖曼陀羅上面或下面，放置幾分鐘，便能將水轉化為超能量水或是大悲水。
聞名全世界的日本另類醫療博士江本勝，是聯合國有史以來破天荒以心靈世界為主題邀請他演講關於水與心靈訊息的內容。
其著作【生命的答案水知道】一書，被翻譯為二十幾個國家的語言，風行全世界。當中便十分肯定佛教持咒或祈禱過的水質，甚至貼上中文篆體阿彌陀佛的紙，便能讓水呈現蓮花狀的美麗結晶，令他大為感動。
他曾經實驗過：經過一位長年修行的和尚祈禱過的湖水水質，比幾百位一般人的祈禱還要有效。原本無法呈現結晶的水，在祈禱後的水質提高到可與日本長壽村的水質相比擬。（讀者有興趣可逕行查閱其著作。）
大悲水是廣為流傳，同時其效驗也深受肯定的超能量祈禱水。在信仰中可以治八萬四千病，令人長壽健康，也能加持淨化環境磁場、超渡亡靈。
供養或修持功德加倍：
很多人在修行時，會習慣做供養，供養可以增加我們的福慧。在供養的時候只要在面前擺放了聖曼陀羅，對著聖曼陀羅供養，供品便會自動轉化給十方一切無數諸佛菩薩，及一切眾生，而且每樣供品的量都會增數到像須彌山一樣大。
這是經典確實的記載。
對於有在修供養法的人，是很棒的佳音。